La materia de competencia de la SIGEN, es el control interno de las jurisdicciones que componen el Poder Ejecutivo Nacional, Organismos Descentralizados y formas societarias comprendidas en el inciso b), del artículo 8vo. de la Ley Nº24.156 del estado que dependan del mismo.

En cambio, no es función propia de la SIGEN la tramitación de denuncias vinculadas con las jurisdicciones y organismos y entidades sujetas a su control, ello así, en tanto no hay relación directa entre la función de auditoría y de control interno por un lado y la de recibir y tramitar denuncias e investigar por el otro, como es el caso de la FISCALÍA DE INVESTIGACIONES ADMINISTRATIVAS (Ley Nº24946 y Resolución PGN Nº18/05), OFICINA ANTICORRUPCION (Leyes Nº25.233 y Nº24.946 y Decreto Nº102/99) y el DEFENSOR DEL PUEBLO DE LA NACION (Artículo Nº86 de la Constitución Nacional y Ley Nº24.284) cuyas competencias son específicas en esas materias.